После завершения розыгрыша чемпионата СССР российские команды продолжили соревноваться в самостоятельном турнире. С первых лет существования нового турнира, чемпионата России, московское «Динамо» по-прежнему поддерживало марку одного из лидеров отечественного футбола. Вплоть до конца XX века динамовцы только один раз не вошли в первую пятёрку команд, четырежды заняв призовые места, а в 1997 году реально претендовав на золото.
Начало нового столетия ознаменовалось для бело-голубых снижением результатов. В течение первой десятилетки «Динамо» неизменно располагалось в середине турнирной таблицы, дважды, в 2004-м и 2006-м, балансируя на грани вылета из дивизиона сильнейших.
Чемпионат 2008 года подарил болельщикам команды надежду — «Динамо» завершило первый круг на втором месте и, несмотря на кадровые проблемы, с которыми пришлось столкнуться на финише турнира, сумело удержаться в призовой зоне. В год 85-летнего юбилея клуба команда Андрея Кобелева завоевала бронзовые медали.
22 ноября 2008-го года в последнем туре розыгрыша РФПЛ того сезона в присутствие 24 тысяч зрителей на стадионе «Динамо» прошёл последний матч, завершившийся победой над «Томью» со счётом 2:0, после чего арена была закрыта на реконструкцию.
Командное фото, 2008
После нестабильных нулевых динамовцы начали возвращать утраченные позиции. Начиная с 2011 года, с первого чемпионата, проведённого по новой схеме «осень-весна», осмысленная, результативная и зрелищная игра стала постоянным атрибутом москвичей.
Динамовцы трижды занимали четвёртые места, останавливаясь в одном шаге от призовой тройки. В сезоне-2011/12 под руководством Сергея Силкина команда вышла в финал Кубка России.
Командное фото, 2011
В 2016-м «Динамо» к удивлению многих не смогло удержаться в элитном дивизионе и впервые в своей истории покинуло его, впрочем, вернувшись в Премьер-лигу с первой же попытки: в ФНЛ бело-голубые стали лучшими по всем показателям.
В сезоне-2017/18 «Динамо» под руководством Дмитрия Хохлова, сменившего Юрия Калитвинцева, заняло 8-е место в итоговой таблице чемпионата, год спустя — 12-е.
Однако именно тогда в клубе произошли глобальные перемены — общество «Динамо» передало акции бело-голубых банку ВТБ, определившему новый вектор развития и поставившему высокие цели и задачи.
Осенью 2019-го команду возглавил молодой специалист Кирилл Новиков, воспитанник «Динамо», рано завершивший профессиональную карьеру из-за травмы. С его приходом команда преобразилась и выдала удивительный рывок, в финальном отрезке сезона уступив по количеству набранных очков только чемпиону. В итоге клуб занял в таблице 6-е место и завоевал право вернуться в Лигу Европы УЕФА.
Уверенно начав сезон-2020/21, впоследствии прерванный из-за пандемии, к его середине «Динамо» потерпело серию чувствительных поражений, завершило выступление в Лиге Европы в первом же раунде, и в итоге получило нового главного тренера — 23 октября 2020 года команду возглавил Сандро Шварц.
В своём втором сезоне во главе команды немецкий специалист привёл её к бронзовым медалям чемпионата России и финалу Кубка страны. После окончания сезона-2021/22 Шварца на посту главного тренера сменил Славиша Йоканович.
Командное фото, 2021
Через год сербского специалиста сменил чешский тренер Марцел Личка, в чей штаб вошли его брат Марио, бывший футболист бело-голубых Ролан Гусев и экс-защитник Адесойе Ойеволе. Команда стала демонстрировать атакующий футбол, много забивать и впервые в российской истории до последнего тура претендовала на чемпионство. К сожалению, в 30-м туре динамовцы на выезде уступили «Краснодару» и завершили сезон на 3-м месте в таблице.